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基于數(shù)字微流控的5分鐘超快PCR核酸擴(kuò)增平臺

  • 2024 - 01 - 17
論文標(biāo)題圖

近日,澳門大學(xué)的賈艷偉教授團(tuán)隊在權(quán)威期刊《Biosensors & Bioelectronics》上發(fā)表了一篇題為“Sub-5-Minute Ultrafast PCR using Digital Microfluidics”的文章,介紹了一種基于介電潤濕數(shù)字微流控平臺的超快速PCR技術(shù)。該研究采用了多種創(chuàng)新策略,包括雙層加熱、多孔超疏水膜、隔溫槽以及可溶性化學(xué)溫度傳感器等,實現(xiàn)了液滴內(nèi)準(zhǔn)確的熱調(diào)節(jié)。這確保了在介電潤濕數(shù)字微流控平臺上進(jìn)行PCR的效率和穩(wěn)定性,而且檢測靈敏度與傳統(tǒng)PCR相當(dāng),僅需3.7-5分鐘。

超快速EWOD PCR系統(tǒng)原理圖

為了減小傳感器與液滴實際溫度之間的偏差,研究團(tuán)隊采用了溫度敏感化學(xué)染料(磺酰羅丹明B,Sulforhodamine B,SRB)的水性溫度傳感器,對液滴內(nèi)溫度進(jìn)行準(zhǔn)確的校準(zhǔn)和調(diào)控。這一創(chuàng)新使得芯片上EWOD PCR的效率大大提高。由于傳統(tǒng)的單面加熱器加熱方案(MHS)會產(chǎn)生液滴內(nèi)垂直溫度差,影響PCR的效率,研究團(tuán)隊采用了頂部和底部雙層加熱方案(PHS),以減少熱損失、提高溫度均勻性。這一改進(jìn)有助于進(jìn)一步提高PCR的效率和穩(wěn)定性。

左)SRB溫度計校準(zhǔn)和液滴溫度傳感。右)MHS與PHS熱傳播示意圖及比較圖

電場介電擊穿是影響電場介電噴射微流體PCR穩(wěn)定性的關(guān)鍵因素之一。研究團(tuán)隊選用聚二甲基硅氧烷(PDMS)作為電場介電層,由于PDMS對不均勻熱應(yīng)力的高耐受性,它能有效保護(hù)電極在高溫條件下不被擊穿。在微流控PCR中,氣泡的產(chǎn)生是一個常見問題,它會導(dǎo)致液滴溫度不均勻,并可能中斷PCR的熱循環(huán)。為了解決這一問題,研究采用了多孔膨體PTFE(ePTFE)覆蓋在半固化的PDMS上作為疏水層。這種微米級孔隙的ePTFE具有可膨化特性,在熱膨脹時不易發(fā)生表面破裂,從而抑制了因表面疏水層損傷而產(chǎn)生的氣泡。

研究還采用了移動電極聯(lián)鎖排列技術(shù),這一技術(shù)能夠降低移動電極對液滴大小的限制,使得體積大于0.2 μL的液滴能在30℃以上的溫度差下連續(xù)移動,且不受熱毛細(xì)管效應(yīng)的影響。

為了實現(xiàn)快速熱循環(huán)的PCR,研究在頂部加熱器周圍設(shè)置了隔熱槽,以擴(kuò)大變性和退火/延伸兩個區(qū)域之間的溫度差。基于上述技術(shù),液滴在新的集成電場介電噴射數(shù)字微流控系統(tǒng)上能穩(wěn)定地經(jīng)歷冷熱溫度區(qū)間的變化。這一系統(tǒng)在3.7分鐘內(nèi)實現(xiàn)了40個循環(huán)的超快PCR,比傳統(tǒng)的PCR方法快了10-17倍。

上)電極配置方案的演變。其中(iii)為本研究提出的聯(lián)鎖電極結(jié)構(gòu)。下)頂部加熱器周圍設(shè)置的不同深度、寬度和邊緣距離的溫度隔離槽圖

為了減少芯片上PCR的非特異性擴(kuò)增,研究團(tuán)隊在PCR配方中加入了可逆熱啟動試劑(ThermaStop, TS)。這種試劑能夠防止在低溫下產(chǎn)生非特異性產(chǎn)物,并確保聚合酶在一定溫度以上完全恢復(fù)其活性??紤]到芯片上PCR反應(yīng)體積較小,研究團(tuán)隊還優(yōu)化了聚合酶的濃度、芯片的基礎(chǔ)溫度以及液滴在變性區(qū)和退火/延伸區(qū)停留的時間,以提高整體效率。通過連續(xù)梯度稀釋實驗,證實了超快速PCR數(shù)字微流控芯片的靈敏度與傳統(tǒng)PCR相當(dāng),其擴(kuò)增效率高達(dá)95.31%。

EWOD PCR每5個循環(huán)獲得的時間過程熒光圖

該數(shù)字微流控平臺采用微米級多孔ePTFE膜作為疏水層,以PDMS作為介電層。這種組合能有效抑制氣泡的形成和介電擊穿,顯著增強(qiáng)了EWOD芯片的耐用性。體積為0.6μL的超快EWOD PCR在短短3.7至5.0分鐘內(nèi)成功完成40個熱循環(huán)。這一創(chuàng)新為NAAT在感染性病原體檢測、耐藥性分子篩選、法醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域以及其他基于PCR的實際應(yīng)用提供了強(qiáng)大的支持。

論文鏈接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S095656632300653X